Основными задачами воспитательной работы Интеллектуальной школы является формирование у учащихся понимания и применения нравственных, общечеловеческих и национальных ценностей (честь, достоинство, порядочность, уважение), ответственности за свои поступки и действия.

Воспитание высоконравственной личности осуществляется через воспитательный потенциал Интегрированной образовательной программы и учебных предметов. В Интегрированной образовательной программе усилена воспитательная составляющая  на основе принципа целостного образовательного процесса: воспитывать в доброжелательной, благоприятной для обучения, поддерживающей среде.

Для творческого, физического и интеллектуального развития учащимся предлагаются кружки и занятия по интересам (спортивные, художественные, интеллектуальные, технические). Кроме того, предусмотрен ряд внешкольных и элективных курсов в стране и за рубежом на базе лучших образовательных, научно-исследовательских организаций естественно-математического направления.

Вовлеченность всех сотрудников Интеллектуальной школы в учебно-воспитательный процесс, сотрудничество школы с родителями являются главным условием успешной воспитательной работы

Особое значение в реализации воспитательной работы Интеллектуальных школ имеют социальные проекты и практики:

«100 книг, рекомендованные для чтения учащимся Интеллектуальных школ», Исследовательская краеведческая экспедиция «Туған елге тағзым»; Социальная практика «Екі апта ауылда», Практика «10 дней на предприятии у родителя», «История 100 казахских кюев», «TEDx», «Wikipedia», «Служение обществу», «Қазақ әндері», «Уроки лидерства» и др.

Ученические сообщества «Шаңырақ»

 В разновозрастное сообщество «Шаңырақ» объединяются два  класса (12 и 9, 11 и 8, 10 и 7). Каждое сообщество «Шаңырақ» имеет свои отличительные знаки – эмблему, девиз, цвет и координируется куратором. Через созданные  в  Интеллектуальных  школах школьных сообществ «Шаңырақ»  воспитывается  командный  дух  среди учащихся.

В национальной культуре казахского народа «Шаңырақ» имеет большое символическое значение. Это символ дома, символ  единства. Один раз  в месяц Шанырак собирается на большой сбор, который проходит на  актуальную  тематику. На «Часе Шанырака»  дети поднимают проблемные вопросы, обсуждают, принимают решения, планируют и готовят коллективные творческие дела, социальные проекты.

В течение года между сообществами проходят различные интеллектуальные, творческие, спортивные соревнования, а в конце подводятся итоги, и «Шаңырақ», который получил больше всего баллов, поощряется поездкой в экспедицию «Туған елге тағзым» по красивейшим местам Казахстана.

В конце года сообществу «Шаңырақ», набравшему максимальное количество баллов, присуждается “Кубок Өркен” и путевка в краеведческую экспедицию «Туған елге тағзым»