✔ 2008 жылы Қазақстан Республикасының Тұңғыш Президенті – Елбасы Нұрсұлтан Назарбаевтың бастамасы бойынша “ Дарынды балаларға арналған жаратылыстану-математика бағытындағы 20 Зияткерлік мектеп” жобасы іске қосылды.

✔ Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2008 жыл 13 мамырдағы №452 Қаулысымен аталған жобаны жүзеге асыру, Зияткерлік мектептер желісін құру және олардың қызметін қамтамасыз ету, білім саласындағы озық технологияларды енгізу мақсатында «Өркен» Акционерлік қоғамы құрылды.

✔ 2008 жылдың тамыз-қазан айларында Нур-Султан қаласы физика-математика бағытындағы бірінші Зияткерлік мектепте жұмыс істейтін мұғалімдерді іріктеу басталды. Үміткерлер өз пәні бойынша тестілеуден өтіп, берілген тақырып бойынша эссе жазды, жеке әңгімелесуден өтті. Конкурстық сынақтан өтіп, жұмысқа қабылданған мұғалімдер үшін арнайы бағыттау курстары ұйымдастырылды. 2009-2010 оқу жылында Зияткерлік мектепте 85 мұғалім жұмыс істеді.

Конкурстық іріктеу. 2008 ж.

✔ 2008 жылдың желтоқсан айында Нур-Султан қаласындағы № 59 орта мектеп базасында дарынды балаларға арналған Зияткерлік мектепте оқуға ниет білдірген 2210 оқушы конкурстық іріктеуден өтті. Конкурстық іріктеу екі кезеңнен тұрды:

❋ 1 кезең: Төрт пән: математика, қазақ тілі, орыс тілі, ағылшын тілі бойынша білімді кешенді тексеру.

❋ 2 кезең: Зияткерлік мектепте оқу мүмкіндігін анықтау – (А, Б, С) үш деңгейлі қиындықтағы логикалық 5 тапсырма орындау. 2009-2010 оқу жылында мектепте 792 оқушы оқыды.

✔ 2009 жылдың 12 қаңтарында Нур-Султан қаласы Туркістан көшесінде орналасқан жаңа ғимаратта физика-математика бағытындағы Тұңғыш Зияткерлік мектеп ашылды. Ашылу салтанатына келген Қазақстан Республикасы Тұңғыш Президенті Нұрсұлтан Әбішұлы Назарбаев алғашқы Зияткерлік мектептің алғашқы қоңырауын соғып, алғашқы оқушылары мен мұғалімдерін құттықтады, бірінші сабақтарға қатысты. Сондай-ақ ашылу салтанатына М. В. Ломоносов атындағы Мәскеу мемлекеттік университеті жанындағы А.Н.Колмогоров атындағы оқу-әдістемелік орталығы, «Болашақ Сингапур мектептері», Оңтүстік Кореяның «Ақылды мектептері» өкілдері қатысты.

✔ Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2009 жылғы 14 наурыздағы № 317 қаулысымен дарынды балалардың оқуына ақы төлеу үшін Қазақстан Республикасы Тұңғыш Президентінің «Өркен» білім беру грантын тағайындау қағидалары мен мөлшерлері бекітілді.

✔ 2011 жылғы 19 қаңтарда инновациялық білім беру бағдарламалары мен ғылыми жобаларды іске асыру үшін қажетті білім беру саласындағы қазіргі заманғы басқару нысандарын енгізу, академиялық еркіндік пен дербестікті дамыту үшін «Назарбаев Университеті», «Назарбаев Зияткерлік мектептері» және «Назарбаев қоры» мәртебесі туралы» Қазақстан Республикасының Заңы қабылданды.

✔ 2014-2015 оқу жылын мектеп жаңа ғимаратта бастады, Зияткерлік мектеп Назарбаев Университетіне жақын, 31 көшеде жаңа салынған өз ғимаратына көшті.  Сәулеті келіскен, заманауи жаңа ғимарат үш қабаттан, он төрт блоктан тұрады, мектеп аумағы 7,2 гектар жерді алып жатыр.   

✔ 2016 жылдың қазанында Нур-Султан қаласы физика-математика бағытындағы Назарбаев Зияткерлік мектебі халықаралық мектептер Кеңесінің (Council of International Schools) аккредитациясынан өтті.