Воспитание высоконравственной личности осуществляется через воспитательный потенциал Интегрированной образовательной программы и учебных предметов. В Интегрированной образовательной программе усилена воспитательная составляющая на основе принципа целостного образовательного процесса: воспитывать в доброжелательной, благоприятной для обучения, поддерживающей среде.
Для творческого, физического и интеллектуального развития учащимся предлагаются кружки и занятия по интересам (спортивные, художественные, интеллектуальные, технические). Кроме того, предусмотрен ряд внешкольных и элективных курсов в стране и за рубежом на базе лучших образовательных, научно-исследовательских организаций естественно-математического направления.
Вовлеченность всех сотрудников Интеллектуальной школы в учебно-воспитательный процесс, сотрудничество школы с родителями являются главным условием успешной воспитательной работы
Особое значение в реализации воспитательной работы Интеллектуальных школ имеют социальные проекты и практики:
«100 книг, рекомендованные для чтения учащимся Интеллектуальных школ», Исследовательская краеведческая экспедиция «Туған елге тағзым»; Социальная практика «Екі апта ауылда», Практика «10 дней на предприятии у родителя», «История 100 казахских кюев», «TEDx», «Wikipedia», «Служение обществу», «Қазақ әндері», «Уроки лидерства» и др.
Ученические сообщества «Шаңырақ»
В разновозрастное сообщество «Шаңырақ» объединяются два класса (12 и 9, 11 и 8, 10 и 7). Каждое сообщество «Шаңырақ» имеет свои отличительные знаки – эмблему, девиз, цвет и координируется куратором. Через созданные в Интеллектуальных школах школьных сообществ «Шаңырақ» воспитывается командный дух среди учащихся.
В национальной культуре казахского народа «Шаңырақ» имеет большое символическое значение. Это символ дома, символ единства. Один раз в месяц Шанырак собирается на большой сбор, который проходит на актуальную тематику. На «Часе Шанырака» дети поднимают проблемные вопросы, обсуждают, принимают решения, планируют и готовят коллективные творческие дела, социальные проекты.
В течение года между сообществами проходят различные интеллектуальные, творческие, спортивные соревнования, а в конце подводятся итоги, и «Шаңырақ», который получил больше всего баллов, поощряется поездкой в экспедицию «Туған елге тағзым» по красивейшим местам Казахстана.
В конце года сообществу «Шаңырақ», набравшему максимальное количество баллов, присуждается “Кубок Өркен” и путевка в краеведческую экспедицию «Туған елге тағзым»